8 resultados para Polimorfismo (Genética) Teses
em RUN (Repositório da Universidade Nova de Lisboa) - FCT (Faculdade de Cienecias e Technologia), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Portugal
Resumo:
Pneumocystis jirovecii um micro-organismo fngico que pode causar pneumonia em doentes imunocomprometidos. O ciclo de vida de Pneumocystis inclui uma forma biolgica trfica e outra qustica na qual esto presentes, em sua composio, hidratos de carbono chamados -Glucanos. Estes componentes so liberados na corrente sangunea aps lise do micro-organismo pela resposta imunitria ou frmacos, sendo assim, considerado um marcador sorolgico que atua como auxiliar no diagnstico da PPc. Porm, este marcador no especfico para o gnero Pneumocystis, podendo ser um teste positivo em outras infeces fngicas como a candidase. Caracterizar a sequncia genética da Glucano Sintetase permite uma nova abordagem em relao aos testes sorolgicos e a possveis novos alvos teraputicos. Um teste sorolgico para o -Glucano especfico para P. jirovecii podendo ser um marcador muito mais til e confivel do que os utilizados atualmente. Neste trabalho foi feita a caracterizao genética do fragmento correspondente Glucano Sintetase de P. jirovecii com base na sequncia de -Glucano de P. carinii e na sequncia completa de P. jirovecii atravs de metodologias de PCRs. Com o resultado do sequenciamento do fragmento de -Glucano de P. jirovecii puderam ser observadas possveis bases candidatas a polimorfismos de base nica (SNP). Determinar os polimorfismos em uma sequncia resulta em conhecimento da diversidade genética do micro-organismo para alm de reconhecer marcadores moleculares que podem determinar sua origem geogrfica, resistncia a frmacos e fatores de virulncia. Duas bases foram identificadas na sequncia como possveis SNPs. Estudos em projetos futuros com tcnicas como o RFLP podem caracterizar e determinar as consequncias e importncia destes polimorfismos no fragmento da Glucano Sintetase de P. jirovecii. Estabelecer esta importncia pode levar compreenso do modelo de infeco e defesa deste micro-organismo para que possamos perceber melhor sua atuao
Resumo:
A malria constitui um problema de sade pblica, que tem vindo a agravar-se, sendo crescente a necessidade de estratgias renovadas para o seu controlo, como a interrupo do ciclo esporognico. Deste modo, essencial compreender as respostas imunolgicas de Anopheles anti-Plasmodium. Demonstrou-se anteriormente, que a inibio de transglutaminases, enzimas que participam em vrios processos biolgicos ao catalisarem a formao de ligaes covalentes entre pptidos, agrava a infeco em mosquitos pelo parasita. O presente trabalho tem por objectivo caracterizar as transglutaminases AGAP009098 e AGAP009100 de Anopheles gambiae. Os mtodos utilizados para este efeito foram: a sequenciao de regies dos genes AGAP009098 e AGAP009100; a clonagem molecular de fragmentos da regio codificante do gene AGAP009098, usando o vector plasmdico pET28a(+) e Escherichia coli como sistema de expresso; e PCR em Tempo Real para analisar a expresso relativa dos genes AGAP009098 e AGAP009100 nos diferentes os estdios de desenvolvimento. AGAP009098 expressa ubiquamente e AGAP009100 a partir do estdio pupa. Estes resultados apontam para a concluso de que AGAP009098 e AGAP009100 podero desempenhar funes em processos biolgicos relevantes, por exemplo na defesa imunitria, ou no desenvolvimento. Os pptidos recombinantes, obtidos a partir da clonagem com sucesso de fragmentos da regio codificante do gene AGAP009098, constituem uma ferramenta importante para averiguar a funo destas TGases, no futuro.
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Glossina palpalis gambiensis o principal vector de Tripanossomose Humana Africana (THA) na frica Ocidental e a mosca ts-ts mais comum na Guin-Bissau. Apesar da sua ampla distribuio, nenhum caso de THA tem sido reportado no pas desde finais dos anos 70 do sculo XX. Populaes naturais do Grupo palpalis demonstraram diferentes nveis de variao intraespecfica que podem influenciar a sua capacidade vectorial. Portanto, o conhecimento exacto acerca da identidade das espcies e estrutura populacional essencial para prever o possvel restabelecimento e propagao da transmisso de THA na Guin-Bissau. A variao genética foi analisada em amostras de Glossina palpalis gambiensis de cinco regies da Guin-Bissau, com recurso a microssatlites. Trs das regies pertencem parte continental e duas representam a parte insular do pas. No total, 261 moscas ts-ts do sexo feminino foram genotipadas para 11 loci microssatlites. Baixos nveis de diferenciao genética foram observados entre as populaes de G. p. gambiensis da Guin-Bissau (FST = 0,006, P = 0,002). Este resultado est de acordo com a anlise de agrupamentos, que revelou a presena de um nico cluster agrupando todas as amostras, independentemente da origem geogrfica. De um modo geral, estes resultados sugerem uma baixa subestruturao populacional em G. p. gambiensis nesta regio. Anlises de equilbrio mutao-deriva sugerem ainda a ocorrncia de expanso populacional recente. As evidncias genéticas sugerem considerveis nveis de fluxo gentico entre as populaes continentais e entre as populaes insulares e continentais da Guin-Bissau. No caso do restabelecimento de focos de transmisso de THA, a possibilidade de disseminao do protozorio Trypanosoma, atravs da disperso activa das moscas ts-ts, deve ser tida em conta no planeamento de estratgias de controlo vectorial na Guin-Bissau. PALAVRAS-CHAVE: Glossina, Tripanossomose Humana Africana, microssatlites, diferenciao genética.
Resumo:
A Programao Genética (PG) uma tcnica de Aprendizagem de Mquina (Machine Learning (ML)) aplicada em problemas de otimizao onde pretende-se achar a melhor soluo num conjunto de possveis solues. A PG faz parte do paradigma conhecido por Computao Evolucionria (CE) que tem como inspirao teoria da evoluo natural das espcies para orientar a pesquisa das solues. Neste trabalho, avaliada a performance da PG no problema de previso de parmetros farmacocinticos utilizados no processo de desenvolvimento de frmacos. Este um problema de otimizao onde, dado um conjunto de descritores moleculares de frmacos e os valores correspondentes dos parmetros farmacocinticos ou de sua atividade molecular, utiliza-se a PG para construir uma funo matemtica que estima tais valores. Para tal, foram utilizados dados de frmacos com os valores conhecidos de alguns parmetros farmacocinticos. Para avaliar o desempenho da PG na resoluo do problema em questo, foram implementados diferentes modelos de PG com diferentes funes de fitness e configuraes. Os resultados obtidos pelos diferentes modelos foram comparados com os resultados atualmente publicados na literatura e os mesmos confirmam que a PG uma tcnica promissora do ponto de vista da preciso das solues encontradas, da capacidade de generalizao e da correlao entre os valores previstos e os valores reais.
Resumo:
RESUMO: O transplante heptico ortotpico uma teraputica aceite para casos selecionados de falncia heptica terminal. O procedimento tem-se aperfeioado, evidenciado pelo aumento da taxa de sobrevida de 30 para 75% aos 5 anos, mas cerca de 13 a 27% dos enxertos desenvolve falncia primria (PNF) ou disfuno primria (DF) aps o transplante. As consequncias so devastadoras para a sobrevida do doente e do enxerto. A sua etiologia multifactorial, incluindo factores relacionados com o dador e o receptor, tempos de isqumia, agresses cirrgicas, bem como caractersticas anatomopatolgicas do enxerto. A leso de isqumia/reperfuso mantem-se como um factor de risco intra operatrio, com implicaes directas sobre toda a evoluo do transplante : existe uma relao ntima entre a PNF e a DF, a preservao do enxerto, a leso de isqumia/reperfuso, e a falncia do transplante. Alm disso, est comprovada evidncia que sugere que a leso de I/R torna um aloenxerto mais vulnervel por aumento da imunogenicidade, aumentando a probabilidade de episdios de rejeio precoce e tardia. Com base na prtica clnica quotidiana do CHBPT HCC, estudaram-se 54 casos de transplante heptico, agrupados segundo grupos por alocao do enxerto respectivo: Grupo 1(n=27): dador cadver para receptor cirrtico, Grupo 2 (n=15): dador cadver para receptor PAF, Grupo 3 (n=12): dador PAF para receptor cirrtico. Observaram-se as alteraes histolgicas e moleculares sobre o enxerto at ao final da operao do receptor, e as suas consequncias clnicas,avaliando: - As diferentes capacidades de resistncia e cada enxerto leso de isqumia/reperfuso. - As situaes em que os factores do receptor se sobrepem s do enxerto na definio do prognstico, e vice versa. - A relevncia das leses histolgicas e moleculares precoces no tecido heptico na evoluo do enxerto e do receptor. Foram colhidas bipsias por agulha dos 54 enxertos hepticos,42 provenientes de cadver com corao batente(morte cerebral) e 12 provenientes de dador vivo com PAF, em trs tempos diferentes do processo de colheita e transplante heptico: A primeira(T0)antes da clampagem da aorta do dador - A segunda (T1) no final da isqumia fria - A terceira (T2) aps a reperfuso do enxerto, durante o encerramento da parede abdominal. A estas amostras foi extrado RNA total, convertido em cDNA por transcrio reversa e feita a anlise da expresso dos genes da CTLA4, IL-1, IL-4, IL-6, IL-13, TNF-, Perforina, Selectina, (SELE), Fas-ligando, Granzima-B, Heme-Oxigenase 1(HO1)e xido Ntrico Sintetase(iNOS2A)por PCR quantitativo segundo o mtodo do Ct comparativo, utilizando como referncia a expresso dos genes da amostra no-isqumica T0. Os fragmentos de todas as bipsias foram seccionados, para envio de amostra comparativa para processamento histolgico habitual, sem qualquer alterao ao protocolo seguido habitualmente na Unidade de Transplantao do Hospital Curry Cabral. A presena de alguns parmetros histolgicos definidos, como esteatose, necrose, vacuolizao, congesto sinusoidal e infiltrao neutroflica, foi registada e contabilizada numa classificao numrica. O seguimento clnico e laboratorial, bem como o acompanhamento de eventuais complicaes, foi registado e correlacionado com os dados das colheitas de rgos e com os dados das bipsias. Foram consideradas as seguintes variveis, como as mais relevantes e objectivas para a interpretao da evoluo clnica, tendo sido comparadas estatisticamente com os dados recolhidos, laboratoriais e clnicos: disfuno do enxerto, 207 ps operatrias, nmero de internamentos igual ou superior a 2 e rejeio crnica e/ou morte do receptor. Foram identificadas caractersticas clnicas menos favorveis, a considerar, nalgumas circunstncias: gnero feminino do receptor (sobretudo associado a enxerto masculino, p=0,077), isqumia fria superior a 500 minutos (p=0,074), isqumia quente superior a 90 minutos (p=0,099). Na anlise laboratorial, distinguiram-se duas caractersticas histolgicas desfavorveis e irreversveis, como ndice de mau prognstico: a necrose e a balonizao (p=0,029); no painel gentico escolhido neste estudo,a expresso basal de IL-1(p=0,028), de SELE p=0,013)e de FAS-L (p=0,079)relacionaram-se com pior prognstico. Algumas caractersticas protectoras intrnsecas dos enxertos s se revelaram indirectamente, como menor infiltrao neutroflica e maior expresso de HO1 e de iNOS nos enxertos PAF, no tendo sido possvel provar uma interferncia directa nos resultados clnicos. No se obteve expresso mensurvel de genes anti- inflamatrios nas biopsias hepticas processadas neste estudo, como a IL13 e a I 4: assim, com a metodologia utilizada, no foi possvel obter um perfil de expresso genética associado a boa evoluo clnica. O perfil inverso foi sugerido apenas pela expresso basal dos 3 genes mencionados (FAS-L,IL-1 e SELE)no mesmo painel, com o protocolo seguido neste conjunto de 54 doentes. As caractersticas do receptor sobrepuseram-se s do enxerto no caso de: - diagnstico de PAF no receptor, que determinou uma maior predisposio para a disfuno do enxerto, o que, por sua vez, determina uma menor sobrevida. No entanto, o diagnstico de PAF no receptor exibe uma curva de sobrevida mais favorvel. - receptores com um baixo balano de risco (BAR)definiram caractersticas favorveis para enxertos com nveis baixos e moderados de esteatose, fazendo que esta caracterstica, definida como um risco acrescido, no s no se manifestasse clinicamente,como parecesse um factor favorvel. As caractersticas do enxerto sobrepuseram-se s do receptor no caso de: - tempo de isqumia fria superior a 500 minutos - balonizao, necrose, FAS-L,IL-1 e SELE em T0 A integrao dos resultados moleculares e morfolgicos com a evoluo clnica, reala o papel da mobilizao precoce de neutrfilos nos desempenhos menos favorveis do enxerto heptico. -------------ABSTRACT: Orthotopic liver transplantation is na accepted therapeutic procedure for selected cases of terminal liver failure. The procedure has been improved, evidenced by the rise of survival rates from 30 to 70% at 5 years, but 13 to 27% of the liver grafts develops primary non function (PNF) or primary dysfunction (PDF) after transplantation. The consequences are devastating for the survival of the patient and of the graft. Its etiology is multifactorial, including factos related with the donor and with the recipient, ischemic times, surgical aggressions, as well as the histological characteristics of the graft. The ischemia/reperfusion lesion is still an intraoperative risk factor, with direct implications in the whole transplant outcome: there is a close interrelation between PNF and DF, graft preservation, ischemia / reperfusion lesion and graft failure. Beyond his, there is proved evidence that suggests that I/R lesion turns the allograft more vulnerable by increasing its immunogenity, increasing the probability of precocious and late rejection episodes. Based on the daily clinical practice at CHBPT /HCC, 54 cases of hepatic transplantation have been studied, grouped by allocation of each graft: Group (n=27):deceased do nortocirrhotic recipient, Group 2 (n=15): deceased donor to FAP recipient, Group 3 (n=12): FAP living donor to cirrhotic recipient. The histologic and molecular changes in the liver graft were observed until the end of the recipiente operation,together with its clinical consequences, evaluating:-The different capacity of resistance of each graft to the ischemia / reperfusion lesion - The situations where the recipiente factos overlap the ones of the graft, in the definition of prognosis, and vice versa.- The relevance of the precocious histologic and molecular lesions of the hepatic tissue in the clinical outcome of the graft and the recipient. Needle biopsies were obtained from 54 liver grafts, 42 deceased brain dead donors and 12 from FAP living donors, at three diferente times of the harvesting and the hepatic transplantation: The first one (T0) before clamping the donor aorta - The second one (T2) in the end of cold ischemia time - The third one (T) after the reperfusion of the graft, during the closure of the abdominal wall. Total RNAwas extracted to these samples, converted to cDNA by reverse transcription and the analysis of gene expression was made for CTLA4,IL-1,IL-4,IL-6,IL-13,TNF-,Perforin,E Selectin (SELE),Fas-ligand,Granzyme-B,Heme-oxigenase 1 (HO1) and Nitric Oxide Sintetase (iNOS2A) by quantitative PCR, according with the Ct comparative method, using the expression of the non ischemic sample T0. The fragments of all the biopsies were divided, to send a comparative sample to the usual histologic processement, keeping the same usual protocol at the Transplantation Unit of Curry Cabral Hospital. The presence of some defined histologic parameters, such as steatosis, necrosis, vacuolization, sinusoidal congestion and neutrophilic infiltration, was registered and catalogued in a numeric classification. The clinical and laboratory follow-up, as well as the following of eventual complications, was registered and correlated with the data from organ procurement operations and with the data from the biopsies. The following variables were considered as the most relevant and objective ones, to the interpretation of the clinical evolution, being statistically compared with the clinical and laboratorial collected data: graft dysfunction, post-operative complications, number of readmissions of 2 or more and chronic rejection and /or recipiente death. There were identified some unfavorable clinical characteristics, to be considered under certain circumstances: recipiente female gender (specially associated with malegraft, p=0,077), cold ischemia time of more than 500 minutes (p=0,074), warm ischemia time of more than 90 minutes (p=0,099). In the laboratory analysis, two histologic characteristics were identified as unfavorable and irreversible, associated with bad prognosis: necrosis and balonization (p=0,029); in the gene panel selected in this study, the basal expression of IL-1 (p=0,028), SELE (p=0,013) and FAS-L (p=0,079)were related with worse prognosis.Some intrinsic protective characteristics of the grafts were only indirectly revealed, such as less neutrophilic infiltration and bigger expression of HO1 and iNOS in FAP grafts, being impossible to prove any direct inte ference in the clinical results. A relevant and measurable expression of the anti inflammatory genes IL13 and IL4 was not obtained: with the used methodology, it was impossible to obtain a gene expression profile associated with a favorable clinical outcome.The inverse profile was suggested only by the basal expression of the three mentioned genes (FAS-L, IL- 1 e SELE) in the same gene panel, according with the followed protocol in this group of 54 patients. The characteristics of the recipient overlapped those from the graft, in the case of :- FAP diagnosis in the recipient, which determined a bigger predisposition to graft dysfunction, which by itself determines a shorter survival. However, FAP diagnosis in the recipiente depicts a more favorable survival curve. - Recipients with a low balance risk ndex (BAR) defined favorable characteristics to grafts with low and moderate grades of steatosis, making that this characteristic, associated with bad prognosis, looked like a favorable factor, and with no clinical interference. The graft characteristics overlapped those from the receptor in the case of: - Cold ischemic time more than 500 minutes - Balonization, necrosis, FAS-L, IL-1 and SELE at T0. The integration of molecular and morphologic results with the clinical evolution, stresses the role of a precocious neutrophils mobilization in the worse outcomes of liver grafts.
Resumo:
O arquiplago dos Aores apresenta nove ilhas vulcnicas, sendo So Miguel a maior e mais populosa. Nesta regio insular portuguesa, a Leptospirose uma zoonose endmica, que afeta acidentalmente o Homem por contacto direto ou indireto com leptospiras patognicas. Clinicamente, esta patologia apresenta diversos sintomas que podem ser semelhantes a uma gripe ou evoluir at um quadro fulminante, da a necessidade de um diagnstico preciso com confirmao laboratorial. A Fasciolose outra importante doena zoontica nos Aores que tem sido descrita como endmica neste arquiplago, causada pelo parasita Fasciola hepatica. A infeo humana pode ocorrer devido ao consumo de vegetais e/ou guas contaminados. O diagnstico no fcil, pois a infeo pelo parasita pode apresentar uma larga variedade de quadros clnicos. O objetivo deste estudo contribuir para a clarificao de uma possvel interao imunolgica, ao nvel da resposta humoral observada em indivduos com diagnstico clnico de Leptospirose e/ou Fasciolose, em pacientes da ilha de So Miguel que apresentam um quadro clnico e epidemiolgico comum a ambas as patologias, contribuindo para um melhor diagnstico diferencial. A amostra utilizada no estudo composta por 280 soros de indivduos residentes na ilha de So Miguel, que foram analisados entre 2005 e 2010 pela TAM (Tcnica de Aglutinao Microscpica), para deteo de aglutininas anti-Leptospira interrogans s.l.. Nas amostras de soro com resultado positivo e inconclusivo pela TAM foi aplicada a tcnica de rastreio micro-ELISA para o estudo da Fasciolose. Aplicou-se ainda a tcnica de Imunoeletrodifuso (IED), como tcnica confirmatria, nos soros com resultado positivo e em alguns inconclusivos (n=118) para a tcnica micro-ELISA. Os resultados da TAM, previamente conhecidos, para o total de indivduos estudados foram os seguintes: 124 (44,3%) negativos, 73 (26,1%) inconclusivos e 83 (29,6%) positivos. Estes soros foram submetidos ao teste micro-ELISA, tendo-se obtido 31,1% (n=87) resultados positivos, 31,4% (n=88) resultados inconclusivos e 37,5% (n=105) com resultado negativo para Fasciolose. Foram analisados os inquritos clnico-epidemiolgicos estabelecido para o estudo da Leptospirose humana em So Miguel para as amostras anteriormente referidas, verificando-se que os homens lavradores em idade ativa so o grupo com mais casos positivos para ambas as patologias. Alm disso, os sinais e sintomas mais comuns nos doentes com resultado positivo para as duas doenas so semelhantes aos de uma gripe, e analiticamente foi notrio que as transaminases, a FA/GT (apenas nos doentes com Leptospirose) e a leucocitose tinham nveis elevados. Os resultados revelaram uma provvel coinfeo em 36 doentes. A tcnica de IED foi positiva em 28 amostras de soro, sendo que cinco tiveram resultado positivo para as trs tcnicas utilizadas. Estes resultados so promissores, demonstrando uma possvel relao entre Leptospirose e Fasciolose, sendo que os respetivos agentes etiolgicos partilham nichos ecolgicos, o que justifica igualmente algumas semelhanas nos aspetos sociodemogrficos e clnico-epidemiolgicos na populao afetada.
Resumo:
Lymnaea truncatula um gastrpode de gua doce com importncia em medicina por ser hospedeiro intermedirio do tremtode parasita Fasciola hepatica. o nico hospedeiro intermedirio desta espcie encontrado at agora em Portugal. A fasciolose responsvel por perdas de produtividade em gado. Nos humanos, uma parasitose emergente com relevo em sade pblica em vrias regies do globo. Portugal o segundo pas europeu com maior prevalncia. L. truncatula de difcil controlo por ser anfbia e ter boa capacidade de sobrevivncia e adaptao. A eficcia dos programas de controlo e monitorizao depende da correcta identificao das espcies de hospedeiros intermedirios, dado que nem todas as espcies apresentam a mesma sensibilidade infeco por F. hepatica. A morfologia da concha e a anatomia dos rgos so insuficientes na identificao das espcies, sendo necessrio usar tcnicas de biologia molecular. Os objectivos deste estudo foram: estudar a distribuio, a variao da densidade populacional ao longo do ano, a diversidade genética, os habitats e a influncia de parmetros fsicos, qumicos e biolgicos, na densidade populacional de L. truncatula em cinco distritos portugueses (Coimbra, vora, Leiria, Lisboa e Funchal). Realizaram-se inquritos malacolgicos bimestrais durante 2 anos, entre Janeiro de 2006 e Dezembro de 2007 em Portugal continental e dois (Julho e Novembro de 2009) na ilha da Madeira. No continente, encontrou-se L. truncatula em: ribeiros temporrios, com pouca vegetao, substrato de argila e matria em decomposio e com gua lmpida, incolor e inodora, e com concentrao de clcio e de sulfatos at 50 mg/l e 267mg/l, respectivamente. A presena de outras espcies de moluscos, como Planorbarius metidjensis, Lymnaea peregra e da subclasse Prosobronchiata, assim como concentraes elevadas de nitratos, esto associados a uma menor densidade populacional. Na ilha da Madeira, os habitats foram predominantemente: escorrimentos de encosta, permanentes, com fraca exposio solar, pouca vegetao, substrato de rocha, argila e matria em decomposio e com gua lmpida, incolor e inodora, acima dos 14,4C. A densidade populacional diminui com o aumento dos valores de nitratos e aumenta com a concentrao de clcio na gua. As fezes de animais presentes junto s coleces de gua no apresentaram ovos de F. hepatica. Foi encontrado um exemplar de F. hepatica no fgado de um gamo da Tapada Nacional de Mafra (distrito de Lisboa)Estudou-se a diversidade genética de L. truncatula atravs de RAPD-PCR e sequenciao do gene ribossomal 18S e da regio ITS-2 (este tambm por PCR-RFLP). Identificou-se pela primeira vez em Portugal continental e na ilha da Madeira uma espcie, geneticamente diferente mas morfologicamente muito semelhante a L. truncatula Lymnaea schirazensis. Na ilha da Madeira, foi detectado um haplotipo distinto do presente no continente. O marcador de RAPD - OPA2 e PCR-RFLP com HpaII, so bons marcadores para distino entre L. truncatula e L. schirazensis. Adicionalmente, detectou-se pela primeira vez na ilha da Madeira L. (Pseudosuccinea) columella, conhecido hospedeiro intermedirio de F. hepatica. Este estudo permitiu melhorar o conhecimento sobre hospedeiros intermedirios de F. hepatica em Portugal, o que poder melhorar o controlo e monitorizao da fasciolose.
